De aanmaak van lymfocyten vindt plaats in de primaire lymfoïde organen: het beenmerg en de thymus.

In het beenmerg bevinden zich de pluripotente stamcellen. Uit deze cellen ontstaan gecommitteerde (lymfoïde) stamcellen, die kunnen differentiëren tot ofwel voorloper-T-lymfocyt ofwel B-lymfocyt.

Uitrijping van de voorloper-T-lymfocyt vindt in de thymus plaats. Hier vindt het ingewikkelde proces van genherschikking plaats waarbij door middel van recombinatie een grote diversiteit aan T-celreceptoren ontstaat. Omdat het proces ‘random’ geschiedt is er selectie nodig om de T-cellen met een gewenste specificiteit te behouden en de overigen uit te schakelen.

Deze selectieprocedure gaat in 2 fasen. Allereerst is er positieve selectie waarbij de T-celreceptor moet kunnen binden met HLA-moleculen op thymusepitheel. In een tweede selectieronde worden de resterende T-lymfocyten die lichaamseigen materiaal herkennen uitgeschakeld. Na dit selectieproces blijkt ongeveer 2-5% van de T-lymfocyten aan de gestelde eisen te voldoen en komt als rijpe T-lymfocyt in de circulatie. De overige cellen sterven in de thymus door apoptose of worden anderszins geïnactiveerd.

De uitrijping van B-lymfocyten vindt plaats in het beenmerg. Tijdens dit proces wordt eveneens via genherschikking het diverse repertoire van antigeenreceptoren van B-lymfocyten (membraangebonden
immuunglobuline) gevormd. Ook bij de vorming van B-lymfocyten kunnen cellen ontstaan met ongewenste specificiteit voor lichaamseigen bestanddelen. Deze cellen zijn in principe niet in staat tot auto-antistof productie vanwege het ontbreken van specifieke T-cel-help of andere tolerantiemechanismen. Bovenstaand is beschreven hoe de cellen en moleculen van het immuunsysteem lichaamsvreemde micro-organismen herkennen en onschadelijk maken.

Voorwaarde is wel dat de lymfocyt contact maakt met het micro-organisme: ze moeten elkaar tegenkomen als het ware. De lymfocyten bevinden zich vooral in lymfknopen, de milt en gespecialiseerd lymfoïd weefsel langs de luchtwegen en de darm (m.n. sterk georganiseerd in de Peyerse platen [PP’s]).

De circulatie van lymfocyten door het lichaam verloopt geordend. Lymfocyten uit de bloedbaan dringen lymfoïd weefsel binnen door de wand van postcapillaire venulen. Via de lymfe worden ze weer afgevoerd naar de ductus thoracicus en zo naar het bloed.
De ‘homing’ van lymfocyten op specifieke plaatsen (bijvoorbeeld in PP’s) wordt bepaald door receptoren op de lymfocyt die kunnen binden aan tegenstructuren (addressins) op hoog-endotheel-venulen van het betreffend weefsel.