Zoals hierboven uiteengezet zijn er voor de mens als ‘good, bad and ugly’ te beschouwen micro-organismen.
De afweer wordt niet bij ieder contact met een micro-organisme geactiveerd; alleen wanneer er gevaar
zou kunnen ontstaan dient gereageerd te worden.

Activatie van de cellen van de niet-specifieke immuniteit is hierin een belangrijke eerste stap. Deze activatie vindt plaats door herkenning van pathogene structuren (‘pathogen-associated molecular patterns’, PAMP ’s), bijvoorbeeld LPS, peptidoglycanen, lipoproteïnen en bacterieel CpG-DNA. Herkenning geschiedt door receptoren op de cellen (‘pattern recognition receptor’, PRR), waarvan de ‘Toll – like ’ receptoren (TLR) de laatste tijd erg in de belangstelling staan. Tot op heden zijn er 10 TLR ’s geïdentificeerd.

TLR ’s komen tot expressie in zowel lymfoïd als niet-lymfoïd weefsel, waarbij het expressiepatroon varieert per celtype en weefsel.
Herkenning van pathogene structuren door T L R ’s leidt tot activatie van de transcriptiefactor- NF-¥B en vervolgens tot productie van pro-inflammatoire cytokinen als IL-1 en T N F -α.
In het geval van antigeen-presenterende cellen worden ook co-stimulatoire moleculen tot expressie gebracht, bijvoorbeeld B7-1 (CD80) en B7-2 (CD86) (20). Op deze wijze reguleert het niet-specifieke immuunsysteem de expressie van belangrijke co-stimulatoire moleculen en draagt bij aan het onderscheid zelf/niet-zelf.